| ダイサギソウ | - | Habenaria dentata Schltr. | ラン | 鹿児島県:危惧II、環境省:危惧IB | 
    
      | ムカゴトンボ | - | Habenaria flagellifera Mak. | ラン | 鹿児島県:準危惧、環境省:危惧IA | 
    
      | タカサゴサギソウ | - | Habenaria lacertifera Benth. | ラン | 鹿児島県:危惧I、環境省:危惧IB | 
    
      | リュウキュウサギソウ | - | Habenaria longitentaculata Tang & Wang | ラン | 鹿児島県:危惧I、環境省:危惧IB | 
    
      | ヤエガヤ | - | Hackelochloa granularis O. K. | イネ | 鹿児島県:分布重要 | 
    
      | マツバウミジグサ | - | Halodule pinifolia Den Hartog | ヒルムシロ | 鹿児島県:危惧II、環境省:準危惧 | 
    
      | ウミジグサ | ニラウミジグサ | Halodule uninervis Aschers. | ヒルムシロ | 鹿児島県:危惧II、環境省:準危惧 | 
    
      | ウミヒルモ | - | Halophila ovalis Hook. f. | トチカガミ | 鹿児島県:危惧II、環境省:準危惧 | 
    
      | アリノトウグサ | - | Haloragis micrantha R. Br. | アリノトウグサ | - | 
    
      | キヅタ | フユヅタ | Hedera rhombea Bean | ウコギ | - | 
    
      | フタバムグラ | - | Hedyotis diffusa Willd | アカネ | - | 
    
      | ソナレムグラ | - | Hedyotis strigulosa var. coreana T. Yamaz. | アカネ | 鹿児島県:分布重要 | 
    
      | シマソナレムグラ | - | Hedyotis strigulosa var. crassifolia | アカネ | - | 
    
      | ケニオイグサ | - | Hedyotis tenelliflora Bl. | アカネ | 鹿児島県:分布重要 | 
    
      | ヤマモガシ | - | Helicia cochinchinensis Lour. | ヤマモガシ | - | 
    
      | ヤンバルゴマ | - | Helicteres angustifolia L. | アオギリ | 鹿児島県:準危惧 | 
    
      | ナンバンルリソウ | - | Heliotropium indicum L. | ムラサキ | - | 
    
      | ミヤコジマハナワラビ | - | Helminthostachys zeylanica Hook. | ハナヤスリ | 鹿児島県:危惧II、環境省:危惧IA | 
    
      | コショウジョウバカマ | ヒメショウジョウバカマ | Heloniopsis kawanoi Koidz. | ユリ | 鹿児島県:危惧II、環境省:危惧II | 
    
      | オオシロショウジョウバカマ | - | Heloniopsis leucantha Honda | ユリ | 鹿児島県:危惧I、環境省:危惧IB | 
    
      | リュウキュウハナイカダ | - | Helwingia liukiuensis Hatus. | ミズキ | 鹿児島県:危惧II、環境省:準危惧 | 
    
      | ノカンゾウ | ベニカンゾウ | Hemerocallis fulva var. longituba Maxim. | ユリ | - | 
    
      | アキノワスレグサ | トキワカンゾウ | Hemerocallis fulva var. sempervirens M. Hotta | ユリ | - | 
    
      | ハルランシダ | - | Hemigramma decurrens Copel. | オシダ | 鹿児島県:準危惧 | 
    
      | キツネアザミ | - | Hemistepta lyrata Bunge | キク | - | 
    
      | サキシマスオウノキ | - | Heritiera littoralis Dryand ex W. Ait. | アオギリ | 鹿児島県:危惧II | 
    
      | ムカゴソウ | - | Herminium lanceum var. longicrure Hara | ラン | 鹿児島県:分布重要 | 
    
      | ハスノハギリ | - | Hernandia nymphaefolia Kubitzuki | ハスノハギリ | 鹿児島県:準危惧 | 
    
      | カゲロウラン | オオスミキヌラン | Hetaeria agyokuana K. Nakajima | ラン | 鹿児島県:危惧II、環境省:危惧II | 
    
      | ヤクシマアカシュスラン | - | Hetaeria yakusimensis Masanume | ラン | 鹿児島県:分布重要 | 
    
      | カラスキバサンキライ | カラスギバサンキライ | Heterosmilax japonica Kunth | ユリ | 鹿児島県:準危惧 | 
    
      | ミヤビカンアオイ | - | Heterotropa celsa F. Maek. | ウマノスズクサ | 鹿児島県:危惧II・指定希少種 | 
    
      | フジノカンアオイ | ヤンマカンアオイ、オオフジノカンアオイ | Heterotropa fudsinoi (T. Ito) | ウマノスズクサ | 鹿児島県:危惧II | 
    
      | グスクカンアオイ | - | Heterotropa gusuk F. Maek. | ウマノスズクサ | 鹿児島県:危惧I | 
    
      | ハツシマカンアオイ | - | Heterotropa hatsushimae F. Maek. | ウマノスズクサ | 鹿児島県:危惧II・指定希少種 | 
    
      | オオバカンアオイ | - | Heterotropa lutchuensis Honda | ウマノスズクサ | 鹿児島県:危惧II | 
    
      | トリガミネカンアオイ | - | Heterotropa pellucidum Hatus. & Yamahata | ウマノスズクサ | 鹿児島県:危惧I | 
    
      | トクノシマカンアオイ | - | Heterotropa similis F. Maek. | ウマノスズクサ | 鹿児島県:危惧II | 
    
      | カケロカンアオイ | - | Heterotropa trinacriformis F. Maek. | ウマノスズクサ | 鹿児島県:危惧I | 
    
      | ハマボウ | - | Hibiscus hamabo S. & Z. | アオイ | 鹿児島県:準危惧 | 
    
      | サキシマフヨウ | - | Hibiscus makinoi Jotani & H. Ohba | アオイ | 鹿児島県:分布重要 | 
    
      | フヨウ | サキシマフヨウ | Hibiscus mutabilis L. | アオイ | - | 
    
      | オオハマボウ | ヤマアサ | Hibiscus tiliaceus L. | アオイ | 鹿児島県:準危惧 | 
    
      | ユノミネシダ | - | Histiopteris incisa J. Sm. | コバノイシカグマ | - | 
    
      | ドクダミ | - | Houttuynia cordata Thunb. | ドクダミ | - | 
    
      | サクララン | - | Hoya carnosa R. Br. | ガガイモ | - | 
    
      | キクシノブ | - | Humata repens Diels | シノブ | 鹿児島県:危惧II、環境省:危惧II | 
    
      | シマキクシノブ | - | Humata trifoliata Cav. | シノブ | 鹿児島県:危惧II | 
    
      | カナムグラ | - | Humulus japonicus S. & Z. | クワ | - | 
    
      | カラコンテリギ | ヤクシマコンテリギ、トカラアジサイ、シマコンテリギ | Hydrangea chinensis Maxim. | ユキノシタ | - | 
    
      | トカラアジサイ | - | Hydrangea kawagoeana Koidz. | ユキノシタ | 鹿児島県:分布重要 | 
    
      | クロモ | - | Hydrilla verticillata Caspary | トチカガミ | 鹿児島県:準危惧 | 
    
      | トチカガミ | - | Hydrocharis dubia Backer | トチカガミ | 鹿児島県:準危惧 | 
    
      | ケチドメグサ | ケチドメ | Hydrocotyle dichondroides Elm. | セリ | - | 
    
      | オオバチドメ | - | Hydrocotyle javanica Thunb. | セリ | - | 
    
      | ノチドメ | - | Hydrocotyle maritima Honda | セリ | - | 
    
      | チドメグサ | - | Hydrocotyle sibthorpioides Lamk. | セリ | - | 
    
      | オギノツメ | - | Hygrophila salicifolia Nees | キツネノマゴ | - | 
    
      | コウヤコケシノブ | - | Hymenophyllum barbatum Baker | コケシノブ | - | 
    
      | オトギリソウ | - | Hypericum erectum Thunb. | オトギリソウ | - | 
    
      | コケオトギリ | ヒメコケオトギリ | Hypericum laxum Koidz. | オトギリソウ | - | 
    
      | ツキヌキオトギリ | - | Hypericum sampsonii Hance | オトギリソウ | 鹿児島県:準危惧、環境省危惧IA | 
    
      | セイタカヒメワラビ | - | Hypolepis alte-gracillima Hay. | コバノイシカグマ | - | 
    
      | イワヒメワラビ | - | Hypolepis punctata Mett. | コバノイシカグマ | - | 
    
      | コキンバイザサ | - | Hypoxis aurea Lour. | キンバイザサ | 鹿児島県:準危惧 |